稅務機關對丟失普通發票的納稅（shuì）人，可以按《發票管理辦法》第三十六條“違反發票（piào）管理法規的行為包（bāo）括：(五)未（wèi）按照規定保管發票的”情形，由稅務機關責令限（xiàn）期改正，可以並處1萬元以（yǐ）下的罰款。
《中（zhōng）華人民共（gòng）和國（guó）發（fā）票管理辦法》第二十九條規定：已經開具的發（fā）票存根聯和發票登記簿應（yīng）當保（bǎo）存5年。保存期滿後（hòu）報經稅務機關查驗後銷毀。否則情節嚴重的將被處（chù）以最高3萬元罰款。如果不（bú）慎（shèn）將發票丟失，應於發現當日書麵報告稅務機關並登（dēng）報聲（shēng）明作廢（fèi），以爭取從輕處罰。
1、丟失已開具的增值稅專用發票。
如果丟失的是發票（piào）聯和抵扣聯，購買方憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯複印件到主管（guǎn）稅務機（jī）關進行認證，認證相符的憑該專用發（fā）票記賬聯複印件及銷售方所（suǒ）在地主管（guǎn）稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報（bào）稅證明單》，經購買方（fāng）主管稅務機關審核同（tóng）意後，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證;如果僅（jǐn）僅丟失發票聯，可將專（zhuān）用發票抵扣聯作為記賬憑（píng）證，專用發票抵扣聯（lián）複印件（jiàn）留存備查（chá）;如果丟失抵（dǐ）扣聯導致無法認證，可使用專用發票發（fā）票聯（lián）到主管稅務（wù）機關認（rèn）證。
2、丟失已經開具的普通發票。
增值稅普通發票丟失後，如果沒有稅務機關的同意，複印件等證明材料是不能作為稅（shuì）前扣除憑據的。如果納稅人丟失發票聯（lián），應取得原簽發單位蓋有公章的證明，並注明原來發票號碼、金額和內容等，由（yóu）經辦單位負責人批（pī）準後（hòu），才能代（dài）作原始憑證。同樣的，也需要書麵報（bào）告主管稅務機關，並做登報作廢（fèi）說明。
綜上所述（shù），增值稅發票不同於普通發票，丟失（shī）後（hòu）如果不及時作廢的話可能（néng）導致國家稅收的減少。企業丟失（shī）發票屬於保管不當，稅務部門可能做出行政處罰，丟增值稅發票罰金標準是一萬元以下。已經開具（jù）的發票丟失了，企業要到（dào）當地的稅務機關辦作廢手續，需要提供遺失聲明、原發票記（jì）賬聯等材料。
法（fǎ）院在稅收訴訟中的主要任務，是對具體的涉稅執法行為的合法性進行審查，包括征稅機關的法定職權（quán）、作出具體涉稅執法行為（wéi）的事實和（hé）法律依據等內容。
《中華人民共和（hé）國稅收征收管（guǎn）理法》
第八十八條納稅人、扣（kòu）繳義務人、納（nà）稅擔（dān）保（bǎo）人同稅務機關在納稅上（shàng）發生爭議時，必須先依照稅務機關的納稅決定繳納（nà）或者解繳稅款及滯納金或者提供相應的擔保，然後可以依法申請行政複議;對行（háng）政複議（yì）決定不服的，可以依（yī）法向人民法（fǎ）院起訴。
當事人對稅務機關的處罰（fá）決定、強製（zhì）執行措施或者稅收保全（quán）措施不（bú）服的，可以依法申請行政複議，也可以依法向人民法院起訴。
當事人對稅（shuì）務機關的處罰決定逾期不申請行政複議也不向（xiàng）人民法院起訴、又不履行的，作出（chū）處罰決（jué）定的稅（shuì）務機關可以采取本法（fǎ）第（dì）四十條規定的強製執行（háng）措施，或者申請人（rén）民法院（yuàn）強製執行。
(1)稅務機關作出的征稅行為：一是征收稅款;二是加收滯納（nà）金;三是審批減免稅和出口退稅（shuì）;四是稅務機關委托扣繳義務人作出的代扣代收稅款行為。
(2)稅務機關作出的責令納稅人提交納稅保證金或者納稅擔保行為。
(3)稅務機（jī）關作出的行政處罰行為：一是罰款;二是沒收違（wéi）法所得;三是停止出口退稅權。
(4)稅務機關作（zuò）出的通知出境管理機關阻止出境行為。
(5)稅務機關作出（chū）的（de）稅收（shōu）保全措施：一是書麵通知銀行或（huò）者其他金融機（jī）構暫停支付存款;二是扣押、查（chá）封商品、貨物或者其他財產。
(6)稅務機（jī）關作出的稅收強製執行措施：一（yī）是書麵通知銀行或者其他金融機構扣繳稅款;二是拍賣所扣押、查封的商品、貨物或者其他財產抵繳稅款（kuǎn）。
(7)認為符合法定條件申請稅（shuì）務機關頒發稅務登記證和發售發票，稅務機關拒絕頒發、發售或者不予答複的行（háng）為（wéi）。
(8)稅（shuì）務機關的複議行為：一是複議機關改（gǎi）變了原具體（tǐ）行政行為;二是期限屆滿，稅務機（jī）關不予答複。
總的來（lái）說，在稅收案件中，人（rén）民法院（yuàn）的審查範圍要根據行政相對人（rén）提起（qǐ）行政訴訟的原因分析，行（háng）政相（xiàng）對人的訴訟請求能否得到法院的支持，也要根據稅收（shōu）案件的（de）詳細情況分析（xī）。
