1、使用發（fā）票不同（tóng），小規模納稅（shuì）人銷售隻能使用普通發票，不能使用增值稅（shuì）專用發票，而一般納稅人可（kě）以用增值稅普通發票和增值稅專用發票。購買貨物與一般納稅人相同，可以收普通發票也能收增值稅專用發票，二者收取增值稅專用發票後賬務（wù）處理不同。一般納稅人按價款部分（fèn）入成本，小規（guī）模納稅人則按全額進入成本。
2、應交（jiāo）稅（shuì）費的計算方法不同，一般納稅人（rén）按"抵（dǐ）扣製"計算稅金，即按銷項減進項後的餘額交稅。小規模納稅（shuì）人按銷售收入除（chú）於（1+適用稅率）後的金額再乘稅率計算應交稅費，工業6%，商業4%（目前統一按3%征收率（lǜ））。
3、稅率不同，一般納稅人分為0稅率、13%稅率（目（mù）前降為9%）、17%稅率（目前降為13%）、6%稅率。小規模納稅人，按3%的征收率交稅。
